John Hughes, Giám mục Kensington, từ chối phong chức mục sư cho Welby, bảo rằng, "Không có chỗ cho anh trong Giáo hội Anh."[12] Về sau, nhờ sự ủng hộ của Sandy Millar, Quản nhiệm Nhà thờ Holy Trinity, Welby mới được chấp nhận để trở thành mục sư.

Từ năm 1989 đến 1992, Welby nghiên cứu thần học và được đào tạo tại Cranmer Hall và St John’s College thuộc Đại học Durham, đậu bằng cử nhân và hoàn thành một chứng chỉ mục vụ năm 1992. Ông nhận chức phó quản nhiệm tại Chilvers Coton, rồi St Mary the Virgin, Astley (Nuneaton) trong quãng thời gian từ năm 1992 đến 1995. Ông nhận nhiệm vụ quản nhiệm Nhà thờ St James’ ở Southam, rồi về quản nhiệm Nhà thờ St Michael and All Angels, Ufton thuộc Giáo hạt Coventry, từ năm 1995 đến 2002.[13]

Năm 2001, Welby được bổ nhiệm và ban quản nhiệm Đại Giáo đường Coventry và là đồng giám đốc Mục vụ Quốc tế của Trung tâm Quốc tế về Hòa giải. Năm 2005, ông nhận chức Sub-Dean và Canon cho Mục vụ Hòa giải.

Tháng 12, 2007 Welby về cai quản Đại Giáo đường Liverpool, nhậm chức ngày 8 tháng 12 năm 2007.[14]

Welby viết nhiều sách trong các lĩnh vực đạo đức và tài chính với những tác phẩm tiêu biểu như Managing the Church?: Order and Organisation in a Secular Age và Explorations in Financial Ethics. Luận văn của Welby là một khảo cứu xem các công ty có phạm tội ác hay không, nêu bật quan điểm của ông cho rằng cấu trúc của một hệ thống có thể "tạo điều kiện thuận lợi để nó có thể chọn lựa đúng hay sai."[15]

Trong một cuộc phỏng vấn của BBC năm 2011, Welby nói rằng được bổ nhiệm Giám mục Durham là vinh dự lớn nhưng cũng là một thách thức, "Tôi ngạc nhiên khi được dành cho địa vị ấy. Đó là lòng khao khát nhiệt thành muốn nhìn thấy một hội thánh tràn đầy sức sống tâm linh, phụng sự Chúa Giê-xu Cơ Đốc và phục vụ mọi người."[16] Cuộc bầu phiếu được phê chuẩn tại York Minster ngày 29 tháng 11 năm 2011, ông rời Đại Giáo đường Liverpool ngày 2 tháng 10. Ông được tấn phong Giám mục ngày 28 tháng 10 năm 2011 tại York Minster, và nhậm chức Giám mục Durham tại Đại Giáo đường Durham ngày 26 tháng 11 năm 2011.[17]

Welby được tiến cử vào Viện Quý tộc ngày 12 tháng 1 năm 2012,[18][19] ngồi vào hàng ghế dành cho những nhà lãnh đạo tinh thần.[20] Ông đọc bài diễn văn đầu tiên tại Viện Quý tộc ngày 16 tháng 5 năm 2012.[21] Cũng trong năm 2012, Welby được yêu cầu gia nhập Ủy ban Quốc hội về Chuẩn mực Ngân hàng.

Tổng Giám mục Canterbury

Ngày 9 tháng 11 năm 2012, có những bàn tán về sự bổ nhiệm Welby. Trong tháng 1 năm 2013, Welby nói rằng ông xem đó là "lời nói đùa hoàn toàn ngớ ngẩn" bởi vì ông chỉ mới đảm nhiệm chức vụ Giám mục trong một thời gian ngắn.[22] Nhưng đến ngày 4 tháng 1 năm 2013, lễ xác nhận việc bổ nhiệm cử hành tại Đại Giáo đường St Paul;[1] hôm sau chính thức công bố Welby gia nhập Hội đồng Cơ mật Anh Quốc, tất cả tổng Giám mục đều là thành viên của hội đồng.[23] Welby đăng quang Tổng Giám mục tại Đại Giáo đường Canterbury ngày 21 tháng 3 năm 2013[24] vào ngày lễ kỷ niệm Thomas Cranmer theo lịch Anh giáo.[25]

Ông dự định viếng thăm Vatican vào ngày 14 tháng 6 năm 2013, và hội kiến với Giáo hoàng Phanxicô.[26]